MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER107014 chr1 46372033 46372134 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER107016 chr1 46372443 46372713 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER107018 chr1 46373021 46373367 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER151883 chr1 66896875 66898377 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER162336 chr1 72760467 72761409 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER174077 chr1 79692608 79694263 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER187261 chr1 87538368 87539884 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER187263 chr1 87540186 87540327 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER219932 chr1 106303129 106304626 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER331961 chr1 187747788 187747907 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER331962 chr1 187747912 187748211 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER332508 chr1 188102801 188104328 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER333414 chr1 188704450 188705101 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER445315 chr10 875860 876103 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER445317 chr10 876409 877189 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER501573 chr10 30992224 30992413 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER501575 chr10 30992713 30994266 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER615271 chr10 95697846 95698672 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER679889 chr10 130704801 130705229 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER679890 chr10 130705347 130706483 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER682573 chr10 132841091 132842627 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER692326 chr11 4464791 4465377 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER692328 chr11 4466036 4467065 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER846611 chr11 88341365 88342886 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER854447 chr11 93017543 93019106 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER854449 chr11 93019420 93019559 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER970203 chr12 19664567 19664894 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER970205 chr12 19665184 19666593 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER975540 chr12 22937732 22939478 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1027969 chr12 54627798 54629240 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1029352 chr12 55546367 55547761 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1062712 chr12 73853991 73854314 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1109097 chr12 99631312 99632718 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1109101 chr12 99633878 99634080 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1186850 chr12 133035227 133035367 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1273077 chr13 64410702 64411494 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1311679 chr13 88539483 88541110 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1420945 chr14 56921520 56922066 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1420947 chr14 56922108 56922127 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1420949 chr14 56922415 56923572 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1477078 chr14 86037682 86038064 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1477079 chr14 86038085 86039099 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1491842 chr14 93373934 93374524 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1491844 chr14 93374847 93375018 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1505840 chr14 100188270 100188971 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1523252 chr14_KI270847v1_alt 488496 489086 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1523254 chr14_KI270847v1_alt 489409 489580 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1532475 chr15 23983042 23983162 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1532498 chr15 23994044 23994099 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1532500 chr15 23994699 23994957 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1532657 chr15 24081412 24082631 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1532878 chr15 24203526 24203646 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1532888 chr15 24210719 24211249 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1532890 chr15 24211348 24211550 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1533057 chr15 24303632 24303751 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1533067 chr15 24311103 24311305 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1533441 chr15 24511340 24511460 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1533451 chr15 24518160 24518362 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1533592 chr15 24593798 24594183 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1533594 chr15 24594494 24595537 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1814370 chr16 63156771 63158056 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1814371 chr16 63158042 63158149 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1858265 chr16 84019583 84020138 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1858267 chr16 84020448 84021081 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1858269 chr16 84021365 84021721 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1897517 chr17 7030973 7031262 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1897519 chr17 7031558 7032158 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1897521 chr17 7032200 7032838 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1897523 chr17 7033141 7033367 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1906688 chr17 11059595 11061181 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1920224 chr17 17636306 17636976 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1920227 chr17 17637294 17637926 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER1920229 chr17 17638189 17638538 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2044093 chr17 78672558 78673109 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2138066 chr18 43219508 43221180 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2226826 chr19 9389176 9390805 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2265538 chr19 28814626 28816203 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2265732 chr19 28921545 28922249 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2265735 chr19 28922569 28922644 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2468671 chr2 53697553 53698978 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2592189 chr2 126091358 126091809 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2592191 chr2 126092115 126092831 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2618816 chr2 141311862 141312064 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2660206 chr2 167415483 167417107 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2689957 chr2 184988993 184990312 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2691686 chr2 186041977 186043674 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2695753 chr2 188610367 188611695 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2698526 chr2 190279338 190279533 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2698528 chr2 190280124 190280330 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2702675 chr2 192724364 192724578 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2810087 chr20 8649859 8649995 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2975770 chr21 40800292 40800694 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER2975773 chr21 40801213 40802492 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3021928 chr22 31019051 31019108 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3021930 chr22 31019369 31020010 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3021932 chr22 31020319 31020861 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3021934 chr22 31020979 31021226 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3021936 chr22 31021529 31021541 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3021938 chr22 31021853 31022105 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3053532 chr22 43723620 43724356 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3053534 chr22 43724670 43724925 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3141087 chr3 35562747 35563172 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3141088 chr3 35563175 35563533 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3150401 chr3 40700097 40701386 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3157898 chr3 44746394 44746652 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3157900 chr3 44746952 44747484 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3204600 chr3 68437795 68438077 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3204602 chr3 68438366 68439358 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3204610 chr3 68442043 68442143 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3231305 chr3 83936035 83936293 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3232874 chr3 84935862 84937529 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3241228 chr3 93854022 93855332 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3266954 chr3 109855268 109856920 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3286586 chr3 121724065 121725642 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3294981 chr3 126019411 126020514 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3342004 chr3 151616971 151617148 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3342009 chr3 151617421 151617701 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3346810 chr3 154364317 154366068 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3370621 chr3 168968130 168968457 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3391902 chr3 181011204 181011311 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3405050 chr3 187206593 187208148 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3427313 chr3_GL383526v1_alt 27606 27783 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3427318 chr3_GL383526v1_alt 28056 28336 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3451872 chr4 10545101 10546738 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3609017 chr4 102454703 102456259 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3710298 chr4 164447342 164448822 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3719496 chr4 169880304 169880528 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3719499 chr4 169881463 169882625 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3719505 chr4 169883134 169883343 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3768778 chr5 8004439 8004896 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3768780 chr5 8005048 8006363 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3823566 chr5 40458786 40460258 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3823568 chr5 40460422 40460562 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3823571 chr5 40463256 40463332 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3872091 chr5 72775323 72775550 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3872094 chr5 72782122 72783635 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3887271 chr5 80828475 80829216 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3896152 chr5 86330171 86331688 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3896155 chr5 86332046 86332226 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3938108 chr5 113490486 113491838 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER3938110 chr5 113492147 113492445 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4001083 chr5 148923371 148923559 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4133551 chr6 30318804 30319113 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4138405 chr6 32777487 32778067 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4138407 chr6 32779036 32780110 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4177127 chr6 52218831 52220495 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4182365 chr6 55216268 55217896 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4202764 chr6 70592208 70593684 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4202766 chr6 70593994 70594268 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4209126 chr6 74273603 74274679 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4328409 chr6 146144632 146146103 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4328412 chr6 146146387 146146555 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4351970 chr6 158958626 158959679 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4351972 chr6 158959971 158960530 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4373354 chr6_GL000250v2_alt 4083640 4084220 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4373356 chr6_GL000250v2_alt 4085169 4086243 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4377187 chr6_GL000251v2_alt 1798480 1798788 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4381972 chr6_GL000251v2_alt 4191066 4191646 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4381974 chr6_GL000251v2_alt 4192614 4193688 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4385727 chr6_GL000252v2_alt 1574642 1574950 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4389952 chr6_GL000252v2_alt 3926886 3927360 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4390134 chr6_GL000252v2_alt 4022248 4022827 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4390136 chr6_GL000252v2_alt 4023793 4024867 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4393922 chr6_GL000253v2_alt 1629030 1629338 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4398085 chr6_GL000253v2_alt 4196833 4197413 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4398087 chr6_GL000253v2_alt 4198382 4199456 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4404908 chr6_GL000254v2_alt 3981526 3981995 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4405090 chr6_GL000254v2_alt 4076875 4077455 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4405092 chr6_GL000254v2_alt 4078423 4079497 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4408827 chr6_GL000255v2_alt 1573878 1574186 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4413386 chr6_GL000255v2_alt 3971782 3972362 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4413388 chr6_GL000255v2_alt 3973331 3974405 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4417364 chr6_GL000256v2_alt 1617258 1617567 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4421340 chr6_GL000256v2_alt 4177636 4178216 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4421342 chr6_GL000256v2_alt 4179185 4180259 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4621657 chr7 109529364 109529574 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4621660 chr7 109529849 109530736 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4637028 chr7 119040631 119042313 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4637551 chr7 119391090 119391643 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4643681 chr7 123254927 123256452 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4719470 chr8 5178347 5179962 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4780530 chr8 38058543 38058762 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4809212 chr8 57008053 57008348 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4849830 chr8 80796509 80796713 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4849833 chr8 80797017 80798258 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4849835 chr8 80798555 80798778 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4851148 chr8 81612134 81612211 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4851245 chr8 81667482 81667822 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4851247 chr8 81668123 81668302 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4851249 chr8 81668617 81669762 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4858633 chr8 86253327 86254149 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4858635 chr8 86254665 86254767 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4862475 chr8 88598988 88599134 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4965989 chr8 143657592 143658733 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4965991 chr8 143659042 143659453 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4970912 chr8_KI270816v1_alt 133059 134200 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER4970914 chr8_KI270816v1_alt 134507 134918 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5284418 chrX 40860717 40861960 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5284421 chrX 40863701 40864169 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5312182 chrX 54100706 54102026 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5312197 chrX 54109648 54109702 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5318129 chrX 58037937 58039041 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5319340 chrX 63575021 63575065 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5319342 chrX 63575449 63575624 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5319344 chrX 63576246 63577429 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5345368 chrX 79047465 79047543 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5367224 chrX 94271494 94271795 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5367226 chrX 94272172 94273397 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5444539 chrX 138149000 138150566 0 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5499845 chrY 13497686 13499336 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5572149 chr3_KN196475v1_fix 271744 272002 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5572151 chr3_KN196475v1_fix 272302 272834 1 LTR MSTC-int|LTR|ERVL-MaLR-HOMER5575684 chr3_KZ208909v1_alt 151085 152752 0 LTR